A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 20-Sep-2017 number of released structures: 9123
Search for released structures

NDB ID: 5XUU  PDB ID: 5XUU 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
5XUU|1|B|A|-105XUU|1|B|A|-100BPh
5XUU|1|B|A|-105XUU|1|B|A|-4
5XUU|1|B|A|-105XUU|1|B|U|-5
5XUU|1|B|A|-135XUU|1|B|A|-130BPh
5XUU|1|B|A|-135XUU|1|B|A|-4s55
5XUU|1|B|A|-135XUU|1|B|C|-12s35
5XUU|1|B|A|-135XUU|1|B|U|-14s53
5XUU|1|B|A|-135XUU|1|B|U|-5cWW
5XUU|1|B|A|-195XUU|1|B|A|-19n0BP
5XUU|1|B|A|-195XUU|1|B|G|-6s35
5XUU|1|B|A|-195XUU|1|B|G|-8ncWS
5XUU|1|B|A|-195XUU|1|B|U|-11tHW
5XUU|1|B|A|-195XUU|1|B|U|-7
5XUU|1|B|A|-25XUU|1|B|A|-20BPh
5XUU|1|B|A|-25XUU|1|B|C|-15ns55
5XUU|1|B|A|-25XUU|1|B|G|-3s53
5XUU|1|B|A|-25XUU|1|B|U|-1s35
5XUU|1|B|A|-25XUU|1|B|U|-16cWW
5XUU|1|B|A|-205XUU|1|B|A|-20n0BP
5XUU|1|B|A|-205XUU|1|B|U|-11s33
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|A|-10
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|A|-13s55
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|A|-40BPh
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|G|-3s35
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|U|-14cWW
5XUU|1|B|A|-45XUU|1|B|U|-5s53
5XUU|1|B|A|-95XUU|1|B|G|-8ns35
5XUU|1|B|A|25XUU|1|B|A|20BPh
5XUU|1|B|A|25XUU|1|B|A|3s35
5XUU|1|B|A|25XUU|1|B|G|1s53
5XUU|1|B|A|35XUU|1|B|A|2s53
5XUU|1|B|A|35XUU|1|B|A|30BPh
5XUU|1|B|A|35XUU|1|B|A|4s35
5XUU|1|B|A|45XUU|1|B|A|3s53
5XUU|1|B|A|45XUU|1|B|A|40BPh
5XUU|1|B|A|45XUU|1|B|U|5s35
5XUU|1|B|A|75XUU|1|B|A|70BPh
5XUU|1|B|A|75XUU|1|B|G|8s35
5XUU|1|B|A|75XUU|1|B|U|6s53
5XUU|1|B|C|-125XUU|1|B|A|-13s53
5XUU|1|B|C|-125XUU|1|B|A|-197BPh
5XUU|1|B|C|-125XUU|1|B|A|-20
5XUU|1|B|C|-125XUU|1|B|G|-6cWW
5XUU|1|B|C|-125XUU|1|B|U|-11s35
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|A|-2ns55
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|C|-150BPh
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|G|-3cWW
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|U|-14s35
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|U|-16s53
5XUU|1|B|C|-155XUU|1|B|U|-18
5XUU|1|B|C|125XUU|1|B|C|120BPh
5XUU|1|B|C|125XUU|1|B|G|11s53
5XUU|1|B|C|125XUU|1|B|G|13s35
5XUU|1|B|C|145XUU|1|B|C|140BPh
5XUU|1|B|C|145XUU|1|B|G|13s53
5XUU|1|B|C|145XUU|1|B|U|15s35
5XUU|1|B|C|195XUU|1|B|C|190BPh
5XUU|1|B|C|195XUU|1|B|G|18s53
5XUU|1|B|G|-35XUU|1|B|A|-2s35
5XUU|1|B|G|-35XUU|1|B|A|-4s53
5XUU|1|B|G|-35XUU|1|B|C|-15cWW
5XUU|1|B|G|-35XUU|1|B|G|-30BPh
5XUU|1|B|G|-35XUU|1|B|U|-14s55
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|A|-10
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|A|-19s53
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|C|-12cWW
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|G|-60BPh
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|U|-11s55
5XUU|1|B|G|-65XUU|1|B|U|-5s35
5XUU|1|B|G|-85XUU|1|B|A|-104BPh
5XUU|1|B|G|-85XUU|1|B|A|-19ncSW
5XUU|1|B|G|-85XUU|1|B|A|-9ns53
5XUU|1|B|G|-85XUU|1|B|U|-11ntSS
5XUU|1|B|G|05XUU|1|B|G|1s35
5XUU|1|B|G|15XUU|1|B|A|2s35
5XUU|1|B|G|15XUU|1|B|G|0s53
5XUU|1|B|G|15XUU|1|B|G|1n0BP
5XUU|1|B|G|115XUU|1|B|C|12s35
5XUU|1|B|G|115XUU|1|B|G|110BPh
5XUU|1|B|G|115XUU|1|B|U|10s53
5XUU|1|B|G|135XUU|1|B|C|12s53
5XUU|1|B|G|135XUU|1|B|C|14s35
5XUU|1|B|G|135XUU|1|B|G|130BPh
5XUU|1|B|G|175XUU|1|B|G|18s35
5XUU|1|B|G|175XUU|1|B|U|16s53
5XUU|1|B|G|185XUU|1|B|C|19s35
5XUU|1|B|G|185XUU|1|B|G|17s53
5XUU|1|B|G|185XUU|1|B|G|180BPh
5XUU|1|B|G|85XUU|1|B|A|7s53
5XUU|1|B|G|85XUU|1|B|G|80BPh
5XUU|1|B|G|85XUU|1|B|G|9s35
5XUU|1|B|G|95XUU|1|B|G|8s53
5XUU|1|B|G|95XUU|1|B|G|90BPh
5XUU|1|B|G|95XUU|1|B|U|10s35
5XUU|1|B|U|-15XUU|1|B|A|-2s53
5XUU|1|B|U|-15XUU|1|B|U|-10BPh
5XUU|1|B|U|-15XUU|1|B|U|-17cWW
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|A|-19tWH
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|A|-20s33
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|C|-12s53
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|G|-6s55
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|G|-8ntSS
5XUU|1|B|U|-115XUU|1|B|U|-110BPh
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|A|-13s35
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|A|-4cWW
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|C|-15s53
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|G|-3s55
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|U|-140BPh
5XUU|1|B|U|-145XUU|1|B|U|-18ntHW
5XUU|1|B|U|-165XUU|1|B|A|-2cWW
5XUU|1|B|U|-165XUU|1|B|C|-15s35
5XUU|1|B|U|-165XUU|1|B|U|-160BPh
5XUU|1|B|U|-165XUU|1|B|U|-17s53n9BP
5XUU|1|B|U|-165XUU|1|B|U|-18
5XUU|1|B|U|-175XUU|1|B|U|-1cWW
5XUU|1|B|U|-175XUU|1|B|U|-16s35
5XUU|1|B|U|-175XUU|1|B|U|-170BPh
5XUU|1|B|U|-185XUU|1|B|A|-199BPh
5XUU|1|B|U|-185XUU|1|B|C|-15
5XUU|1|B|U|-185XUU|1|B|U|-14ntWH
5XUU|1|B|U|-185XUU|1|B|U|-180BPh
5XUU|1|B|U|-55XUU|1|B|A|-10
5XUU|1|B|U|-55XUU|1|B|A|-13cWW
5XUU|1|B|U|-55XUU|1|B|A|-4s35
5XUU|1|B|U|-55XUU|1|B|G|-6s53
5XUU|1|B|U|-55XUU|1|B|U|-50BPh
5XUU|1|B|U|-75XUU|1|B|U|-70BPh
5XUU|1|B|U|105XUU|1|B|G|11s35
5XUU|1|B|U|105XUU|1|B|G|9s53
5XUU|1|B|U|105XUU|1|B|U|100BPh
5XUU|1|B|U|155XUU|1|B|C|14s53
5XUU|1|B|U|155XUU|1|B|U|150BPh
5XUU|1|B|U|155XUU|1|B|U|16s35
5XUU|1|B|U|165XUU|1|B|G|17s35
5XUU|1|B|U|165XUU|1|B|U|15s53
5XUU|1|B|U|165XUU|1|B|U|160BPh
5XUU|1|B|U|55XUU|1|B|A|4s53
5XUU|1|B|U|55XUU|1|B|U|50BPh
5XUU|1|B|U|55XUU|1|B|U|6s35
5XUU|1|B|U|65XUU|1|B|A|7s35
5XUU|1|B|U|65XUU|1|B|U|5s53
5XUU|1|B|U|65XUU|1|B|U|60BPh


Base-PairsCount (7)Relative Frequency
cWW60.857
tWH10.143
Base-PhosphateCount (35)Relative Frequency
4BPh10.029
7BPh10.029
9BPh10.029
0BPh320.914
Base-StackingCount (16)Relative Frequency
s3310.062
s53120.750
s5530.188

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)