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NDB ID: 5XUS  PDB ID: 5XUS 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
5XUS|1|B|A|-105XUS|1|B|A|-100BPh
5XUS|1|B|A|-105XUS|1|B|A|-4
5XUS|1|B|A|-105XUS|1|B|U|-5
5XUS|1|B|A|-135XUS|1|B|A|-130BPh
5XUS|1|B|A|-135XUS|1|B|A|-4s55
5XUS|1|B|A|-135XUS|1|B|C|-12s35
5XUS|1|B|A|-135XUS|1|B|U|-14s53
5XUS|1|B|A|-135XUS|1|B|U|-5cWW
5XUS|1|B|A|-195XUS|1|B|A|-19n0BP
5XUS|1|B|A|-195XUS|1|B|G|-6s35n2BP
5XUS|1|B|A|-195XUS|1|B|G|-8ncWS
5XUS|1|B|A|-195XUS|1|B|U|-11tHW
5XUS|1|B|A|-195XUS|1|B|U|-7
5XUS|1|B|A|-25XUS|1|B|A|-20BPh
5XUS|1|B|A|-25XUS|1|B|C|-15s55
5XUS|1|B|A|-25XUS|1|B|G|-3s53
5XUS|1|B|A|-25XUS|1|B|U|-1s35
5XUS|1|B|A|-25XUS|1|B|U|-16cWW
5XUS|1|B|A|-205XUS|1|B|A|-20n0BP
5XUS|1|B|A|-205XUS|1|B|U|-11s33
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|A|-10
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|A|-13s55
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|A|-40BPh
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|G|-3s35
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|U|-14cWW
5XUS|1|B|A|-45XUS|1|B|U|-5s53
5XUS|1|B|A|-95XUS|1|B|G|-8ns35
5XUS|1|B|A|25XUS|1|B|A|20BPh
5XUS|1|B|A|25XUS|1|B|A|3s35
5XUS|1|B|A|25XUS|1|B|G|1s53
5XUS|1|B|A|35XUS|1|B|A|2s53
5XUS|1|B|A|35XUS|1|B|A|30BPh
5XUS|1|B|A|35XUS|1|B|A|4s35
5XUS|1|B|A|45XUS|1|B|A|3s53
5XUS|1|B|A|45XUS|1|B|A|40BPh
5XUS|1|B|A|45XUS|1|B|U|5s35
5XUS|1|B|A|75XUS|1|B|A|70BPh
5XUS|1|B|A|75XUS|1|B|G|8s35
5XUS|1|B|A|75XUS|1|B|U|6s53
5XUS|1|B|C|-125XUS|1|B|A|-13s53
5XUS|1|B|C|-125XUS|1|B|A|-197BPh
5XUS|1|B|C|-125XUS|1|B|G|-6cWW
5XUS|1|B|C|-125XUS|1|B|U|-11s35
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|A|-2s55
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|C|-150BPh
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|G|-3cWW
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|U|-14s35
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|U|-16s53
5XUS|1|B|C|-155XUS|1|B|U|-18
5XUS|1|B|C|125XUS|1|B|C|120BPh
5XUS|1|B|C|125XUS|1|B|G|11s53
5XUS|1|B|C|125XUS|1|B|G|13s35
5XUS|1|B|C|145XUS|1|B|C|140BPh
5XUS|1|B|C|145XUS|1|B|G|13s53
5XUS|1|B|C|145XUS|1|B|U|15s35
5XUS|1|B|C|195XUS|1|B|C|190BPh
5XUS|1|B|C|195XUS|1|B|G|18s53
5XUS|1|B|G|-35XUS|1|B|A|-2s35
5XUS|1|B|G|-35XUS|1|B|A|-4s53
5XUS|1|B|G|-35XUS|1|B|C|-15cWW
5XUS|1|B|G|-35XUS|1|B|G|-30BPh
5XUS|1|B|G|-35XUS|1|B|U|-14s55
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|A|-10
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|A|-19s53
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|C|-12cWW
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|G|-60BPh
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|U|-11s55
5XUS|1|B|G|-65XUS|1|B|U|-5s35
5XUS|1|B|G|-85XUS|1|B|A|-104BPh
5XUS|1|B|G|-85XUS|1|B|A|-19ncSW
5XUS|1|B|G|-85XUS|1|B|A|-9ns53
5XUS|1|B|G|-85XUS|1|B|U|-11ntSS
5XUS|1|B|G|05XUS|1|B|G|1s35
5XUS|1|B|G|15XUS|1|B|A|2s35
5XUS|1|B|G|15XUS|1|B|G|0s53
5XUS|1|B|G|15XUS|1|B|G|1n0BP
5XUS|1|B|G|115XUS|1|B|C|12s35
5XUS|1|B|G|115XUS|1|B|G|110BPh
5XUS|1|B|G|115XUS|1|B|U|10s53
5XUS|1|B|G|135XUS|1|B|C|12s53
5XUS|1|B|G|135XUS|1|B|C|14s35
5XUS|1|B|G|135XUS|1|B|G|130BPh
5XUS|1|B|G|175XUS|1|B|G|18s35
5XUS|1|B|G|175XUS|1|B|U|16s53
5XUS|1|B|G|185XUS|1|B|C|19s35
5XUS|1|B|G|185XUS|1|B|G|17s53
5XUS|1|B|G|185XUS|1|B|G|180BPh
5XUS|1|B|G|85XUS|1|B|A|7s53
5XUS|1|B|G|85XUS|1|B|G|80BPh
5XUS|1|B|G|85XUS|1|B|G|9s35
5XUS|1|B|G|95XUS|1|B|G|8s53
5XUS|1|B|G|95XUS|1|B|G|90BPh
5XUS|1|B|G|95XUS|1|B|U|10s35
5XUS|1|B|U|-15XUS|1|B|A|-2s53
5XUS|1|B|U|-15XUS|1|B|U|-10BPh
5XUS|1|B|U|-15XUS|1|B|U|-17cWW
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|A|-19tWH
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|A|-20s33
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|C|-12s53
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|G|-6s55
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|G|-8ntSS
5XUS|1|B|U|-115XUS|1|B|U|-110BPh
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|A|-13s35
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|A|-4cWW
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|C|-15s53
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|G|-3s55
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|U|-140BPh
5XUS|1|B|U|-145XUS|1|B|U|-18ntHW
5XUS|1|B|U|-165XUS|1|B|A|-2cWW
5XUS|1|B|U|-165XUS|1|B|C|-15s35
5XUS|1|B|U|-165XUS|1|B|U|-160BPh
5XUS|1|B|U|-165XUS|1|B|U|-17s539BPh
5XUS|1|B|U|-165XUS|1|B|U|-18
5XUS|1|B|U|-175XUS|1|B|U|-1cWW
5XUS|1|B|U|-175XUS|1|B|U|-16s35
5XUS|1|B|U|-175XUS|1|B|U|-17n9BP
5XUS|1|B|U|-185XUS|1|B|A|-199BPh
5XUS|1|B|U|-185XUS|1|B|C|-15
5XUS|1|B|U|-185XUS|1|B|U|-14ntWH
5XUS|1|B|U|-185XUS|1|B|U|-180BPh
5XUS|1|B|U|-55XUS|1|B|A|-10
5XUS|1|B|U|-55XUS|1|B|A|-13cWW
5XUS|1|B|U|-55XUS|1|B|A|-4s35
5XUS|1|B|U|-55XUS|1|B|G|-6s53
5XUS|1|B|U|-55XUS|1|B|U|-50BPh
5XUS|1|B|U|-75XUS|1|B|U|-70BPh
5XUS|1|B|U|105XUS|1|B|G|11s35
5XUS|1|B|U|105XUS|1|B|G|9s53
5XUS|1|B|U|105XUS|1|B|U|100BPh
5XUS|1|B|U|155XUS|1|B|C|14s53
5XUS|1|B|U|155XUS|1|B|U|150BPh
5XUS|1|B|U|155XUS|1|B|U|16s35
5XUS|1|B|U|165XUS|1|B|G|17s35
5XUS|1|B|U|165XUS|1|B|U|15s53
5XUS|1|B|U|165XUS|1|B|U|160BPh
5XUS|1|B|U|55XUS|1|B|A|4s53
5XUS|1|B|U|55XUS|1|B|U|50BPh
5XUS|1|B|U|55XUS|1|B|U|6s35
5XUS|1|B|U|65XUS|1|B|A|7s35
5XUS|1|B|U|65XUS|1|B|U|5s53
5XUS|1|B|U|65XUS|1|B|U|60BPh


Base-PairsCount (7)Relative Frequency
cWW60.857
tWH10.143
Base-PhosphateCount (35)Relative Frequency
4BPh10.029
7BPh10.029
9BPh20.057
0BPh310.886
Base-StackingCount (17)Relative Frequency
s3310.059
s53120.706
s5540.235

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)