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NDB ID: 5V17  PDB ID: 5V17 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
5V17|1|A|A|125V17|1|A|A|12n0BP
5V17|1|A|A|125V17|1|A|C|11s53
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5V17|1|A|A|215V17|1|A|A|21n0BP
5V17|1|A|A|215V17|1|A|C|20s53
5V17|1|A|A|215V17|1|A|C|22s35
5V17|1|A|A|215V17|1|A|G|27s55
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5V17|1|A|A|235V17|1|A|C|22
5V17|1|A|A|235V17|1|A|C|24s35
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5V17|1|A|A|265V17|1|A|C|22cWW
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5V17|1|A|A|305V17|1|A|U|31s35
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5V17|1|A|A|385V17|1|A|U|39s35
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5V17|1|A|A|65V17|1|A|G|37s55
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5V17|1|A|C|115V17|1|A|C|11n0BP
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5V17|1|A|C|255V17|1|A|C|24s53
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5V17|1|A|U|175V17|1|A|G|16s53
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5V17|1|A|U|315V17|1|A|U|310BPh
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5V17|1|A|U|395V17|1|A|A|38s53
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5V17|1|A|U|395V17|1|A|U|390BPh
5V17|1|A|U|395V17|1|A|U|4ns55
5V17|1|A|U|45V17|1|A|A|3s53
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5V17|1|A|U|45V17|1|A|C|5s35
5V17|1|A|U|45V17|1|A|U|39ns55
5V17|1|A|U|45V17|1|A|U|40BPh


Base-PairsCount (16)Relative Frequency
cWW161.000
Base-PhosphateCount (37)Relative Frequency
7BPh10.027
8BPh10.027
0BPh350.946
Base-StackingCount (24)Relative Frequency
s53140.583
s55100.417

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)