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As of 20-Sep-2017 number of released structures: 9123
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NDB ID: 5T3K  PDB ID: 5T3K 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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5T3K|1|D|C|345T3K|1|D|C|35s35
5T3K|1|D|C|355T3K|1|C|G|1s55
5T3K|1|D|C|355T3K|1|D|C|34s53
5T3K|1|D|C|355T3K|1|D|C|350BPh
5T3K|1|D|G|225T3K|1|C|C|14cWW
5T3K|1|D|G|225T3K|1|C|U|15s55
5T3K|1|D|G|225T3K|1|D|A|21s53
5T3K|1|D|G|225T3K|1|D|C|23s35
5T3K|1|D|G|225T3K|1|D|G|220BPh
5T3K|1|D|G|245T3K|1|C|C|12cWW
5T3K|1|D|G|245T3K|1|C|G|13s55
5T3K|1|D|G|245T3K|1|D|C|23s53
5T3K|1|D|G|245T3K|1|D|G|240BPh


Base-PairsCount (27)Relative Frequency
cWW271.000
Base-PhosphateCount (60)Relative Frequency
0BPh601.000
Base-StackingCount (41)Relative Frequency
s53210.512
s55200.488

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)