################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 20:41:34 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name 'thymidine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'RNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for thymidine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is ribose in the C3'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H12 C10 N2 O9 P1 ' _chem_comp.formula_weight 335.21 _chem_comp.number_atoms_all 34 _chem_comp.number_atoms_nh 22 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 ribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 0.7932 1.5843 3.7985 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -0.1695 1.8592 4.7456 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -0.2876 0.9147 5.7350 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 0.4670 -0.2315 5.8914 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 1.4780 -0.4429 4.8826 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 1.5903 0.4626 3.9022 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 -0.8937 2.8381 4.6929 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 O base 0 0.2495 -0.9801 6.8403 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M C base 0 2.3463 -1.6599 4.9696 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H3 H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MA H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MB H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MC H base 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 0.6073 2.2737 2.4946 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 0.9445 3.7633 2.5747 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 2.3937 3.7648 2.0933 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 2.3808 2.6834 1.0251 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 3.7122 2.0481 0.7177 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* O sugar 0 0.1193 4.4503 1.6456 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 2.8170 5.0179 1.5954 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 1.4625 1.6885 1.5415 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 4.3765 1.6066 1.9216 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HAO2* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 3.5661 1.3731 3.2724 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 2.1691 1.8547 3.1292 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 3.8091 0.0039 3.7932 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 4.2302 2.2884 4.2345 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.46 0.06 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C2* 4 3 sign -2.78 0.05 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C3* 4 3 sign -2.50 0.08 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc 4 C4* 4 3 sign 2.49 0.06 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* 2 2 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 2 3 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O2* 3 1 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 3 2 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 3 3 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 4 1 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 4 2 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 4 3 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3773 0.0086 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3734 0.0079 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3821 0.0084 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4446 0.0088 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3390 0.0064 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3796 0.0072 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2190 0.0079 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 O4 doub 1.2282 0.0090 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C5M sing 1.4977 0.0071 T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 H3 sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MA sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MB sing . . T_riboseC3endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MC sing . . 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