################################################################################ # # File:  # Date: 08-Dec-97 20:55:13 # # This file was created by software developed by the # Nucleic Acid Database Project # # H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. D. Westbrook, A. Gelbin, # T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). # The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of # Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759. # # Questions or comments should be directed to: # # # ndbadmin@ndbserver.rutgers.edu # ################################################################################ data_T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc # _chem_comp.id T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc _chem_comp.name '2'-deoxythymidine-5'-phosphate' _chem_comp.type 'DNA linking' _chem_comp.model_details ;Model constructed for 2'-deoxythymidine-5'-phosphate from subcomponents for base, sugar and phosphate. The sugar is deoxyribose in the C2'-endo conformation, and geometries for the gamma torsion angle (synclinal), the chi torsion angle (antiperiplanar), and the C3*-O3* and C5*-O5* bonds are inserted from other models. ; _chem_comp.parent . _chem_comp.formula 'H12 C10 N2 O8 P1 ' _chem_comp.formula_weight 319.21 _chem_comp.number_atoms_all 33 _chem_comp.number_atoms_nh 21 # loop_ _chem_comp_link.link_id _chem_comp_link.type_comp_1 _chem_comp_link.type_comp_2 deoxyribose_pyrimidine sugar base ribose_O5_PO4 sugar phosphate # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.substruct_code _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.model_cartn_x _chem_comp_atom.model_cartn_y _chem_comp_atom.model_cartn_z T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 N base 0 0.7932 1.5843 3.7985 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 C base 0 -0.3565 2.1200 4.3356 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 N base 0 -1.2573 1.1915 4.7972 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C base 0 -1.1260 -0.1844 4.7751 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C base 0 0.1003 -0.6761 4.1911 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C base 0 0.9866 0.2196 3.7384 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2 O base 0 -0.5653 3.3192 4.4026 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 O base 0 -2.0217 -0.8895 5.2322 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M C base 0 0.3270 -2.1547 4.1161 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H3 H base 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc H6 H base 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MA H base 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MB H base 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HC5MC H base 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C sugar 0 1.8573 2.5077 3.3768 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C sugar 0 3.1717 2.3114 4.1096 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C sugar 0 4.1856 2.7676 3.0827 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C sugar 0 3.5520 2.3512 1.7601 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C sugar 0 4.0347 1.0174 1.2305 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* O sugar 0 4.3242 4.1874 3.1354 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* O sugar 0 2.1297 2.2682 2.0059 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* O sugar 0 3.8910 0.0149 2.2511 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA1* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA2* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB2* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA3* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA4* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HA5* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc HB5* H sugar 0 . . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P P phosphate 0 2.5924 -0.0303 3.1730 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P O phosphate 0 2.9349 -0.5358 4.5267 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P O phosphate -1 1.4564 -0.6432 2.4387 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O O phosphate -1 2.2351 1.4021 3.3353 # loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id _chem_comp_chir.number_atoms_all _chem_comp_chir.number_atoms_nh _chem_comp_chir.volume_flag _chem_comp_chir.volume_three _chem_comp_chir.volume_three_esd T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 1 C1* 4 3 sign 2.43 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 2 C3* 4 3 sign -2.69 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc 3 C4* 4 3 sign 2.52 0.11 # loop_ _chem_comp_chir_atom.chir_id _chem_comp_chir_atom.enum _chem_comp_chir_atom.comp_id _chem_comp_chir_atom.atom_id 1 1 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 1 2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 1 3 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N 2 1 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* 2 2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* 2 3 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* 3 1 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* 3 2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* 3 3 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 sing 1.3773 0.0086 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 sing 1.3734 0.0079 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 sing 1.3821 0.0084 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 sing 1.4446 0.0088 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 doub 1.3390 0.0064 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 sing 1.3796 0.0072 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 O2 doub 1.2190 0.0079 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 O4 doub 1.2282 0.0090 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C5M sing 1.4977 0.0071 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 H3 sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 H6 sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MA sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MB sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5M HC5MC sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* sing 1.5177 0.0085 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* sing 1.5139 0.0086 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* sing 1.5250 0.0126 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* sing 1.4458 0.0107 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* sing 1.4177 0.0122 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* O3* sing 1.4276 0.0101 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C5* sing 1.5158 0.0282 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* O5* sing 1.4377 0.0104 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* HA1* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HA2* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* HB2* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* HA3* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* HA4* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HA5* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* HB5* sing . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O1P doub 1.485 0.017 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O2P sing 1.485 0.017 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O sing 1.485 0.017 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* N1 sing 1.4714 0.0141 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* sing 1.593 0.010 # loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd _chem_comp_angle.value_dist _chem_comp_angle.value_dist_esd T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 121.22 0.51 2.40 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 114.54 0.59 2.31 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 127.22 0.53 2.47 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 115.18 0.61 2.39 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 118.08 0.51 2.39 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 123.63 0.56 2.40 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 O2 123.17 0.83 2.28 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C2 O2 122.28 0.63 2.27 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 O4 119.75 0.65 2.26 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C4 O4 125.07 0.74 2.37 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C5M 118.99 0.57 2.54 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C5M 122.91 0.60 2.49 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* 102.17 1.20 2.36 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* 103.13 0.98 2.38 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* 105.99 0.69 2.37 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* 109.90 0.81 2.34 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* 105.99 0.96 2.35 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* O3* 109.67 2.25 2.41 0.03 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* C3* O3* 110.06 2.19 2.42 0.03 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* C3* 114.33 1.87 2.55 0.03 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* 109.15 1.77 2.41 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O5* C5* C4* 109.98 2.10 2.40 0.04 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O2P 119.6 1.5 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O 108.3 3.2 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O 107.3 3.2 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* O4* 108.15 0.62 2.3400 0.0100 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C1* C2* 114.36 1.32 2.5100 0.0100 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N1 C1* 117.91 1.44 2.4400 0.030 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C1* 120.52 1.29 2.4800 0.0300 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc P O5* C5* 120.9 1.6 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O1P P O5* 110.7 1.2 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O2P P O5* 110.7 1.2 . . T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O P O5* 104.0 1.9 . . # loop_ _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 N1-C2-N3-C4 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C2 N3 C4 C2-N3-C4-C5 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 C5 N3-C4-C5-C6 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C6 C4-C5-C6-N1 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 C5 C6 N1 C5-C6-N1-C2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5 C6 N1 C2 C6-N1-C2-N3 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 N3 C6-N1-C2-O2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 N1 C2 O2 C4-N3-C2-O2 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4 N3 C2 O2 C2-N3-C4-O4 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2 N3 C4 O4 C6-C5-C4-O4 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6 C5 C4 O4 O4-C4-C5-C5M T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4 C4 C5 C5M N3-C4-C5-C5M T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3 C4 C5 C5M N1-C6-C5-C5M T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1 C6 C5 C5M C4*-O4*-C1*-C2* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4* O4* C1* C2* O4*-C1*-C2*-C3* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* C2* C3* C1*-C2*-C3*-C4* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* C4* C2*-C3*-C4*-O4* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* O4* C3*-C4*-O4*-C1* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* O4* C1* C2*-C3*-C4*-C5* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2* C3* C4* C5* C3*-C4*-C5*-O5* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3* C4* C5* O5* O3*-C3*-C4*-C5* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3* C3* C4* C5* O4*-C4*-C3*-O3* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C3* O3* O4*-C4*-C5*-O5* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C4* C5* O5* C5*-C4*-O4*-C1* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5* C4* O4* C1* C1*-C2*-C3*-O3* T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1* C2* C3* O3* chi_anti_C2endo_pyrimidine T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4* C1* N1 C2 # loop_ _chem_comp_tor_value.comp_id _chem_comp_tor_value.tor_id _chem_comp_tor_value.angle _chem_comp_tor_value.angle_esd _chem_comp_tor_value.dist _chem_comp_tor_value.dist_esd T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C2-N3-C4 359.98 2.89 2.79 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-C5 359.70 3.25 2.84 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C6 0.30 2.52 2.66 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-C5-C6-N1 359.99 1.37 2.79 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5-C6-N1-C2 359.67 2.27 2.84 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-N3 0.33 2.74 2.66 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-N1-C2-O2 180.25 2.64 3.53 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4-N3-C2-O2 180.07 2.74 3.57 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2-N3-C4-O4 179.80 2.86 3.55 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C6-C5-C4-O4 180.19 2.21 3.54 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4-C4-C5-C5M 0.26 2.16 2.89 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N3-C4-C5-C5M 180.37 2.35 3.76 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc N1-C6-C5-C5M 179.92 1.53 3.78 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C4*-O4*-C1*-C2* 341.21 6.45 2.38 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C1*-C2*-C3* 32.80 4.56 2.37 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-C4* 326.41 3.22 2.34 0.01 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-O4* 23.45 4.79 2.35 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-O4*-C1* 356.93 6.58 2.36 0.02 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C2*-C3*-C4*-C5* 263.15 5.23 3.28 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C3*-C4*-C5*-O5* 52.19 4.95 2.93 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O3*-C3*-C4*-C5* 146.20 5.54 3.71 0.05 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C3*-O3* 266.50 5.07 3.13 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc O4*-C4*-C5*-O5* 293.22 4.75 2.91 0.07 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C5*-C4*-O4*-C1* 120.54 7.03 3.41 0.05 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc C1*-C2*-C3*-O3* 83.64 3.71 2.99 0.06 T_deoxyriboseC2endo_O3H_O5P_anti_+sc chi_anti_C2endo_pyrimidine 237.0 24.3 ? . #